Putusan tersebut mengubah sistem ketatanegaraan secara mendasar dengan memisahkan penyelenggaraan pemilu nasional dan pemilu daerah. Pemilu nasional untuk memilih Presiden/Wakil Presiden, DPR dan DPD kini harus diselenggarakan terpisah dari pemilu lokal yang memilih DPRD, Gubernur, Bupati, dan Walikota, dengan jeda waktu minimal dua tahun dan maksimal dua setengah tahun.
Secara sepintas, putusan ini tampak sebagai langkah reformasi. Namun secara substansial, terdapat sejumlah persoalan konstitusional yang cukup serius.
Perlu diperhatikan bahwa dalam Pasal 22E ayat (1) dan ayat (2) UUD 1945 menyatakan bahwa pemilu diselenggarakan setiap lima tahun sekali untuk memilih DPR, DPD, Presiden/Wakil Presiden, dan DPRD. Tidak ada penyebutan tentang pemilu nasional dan pemilu lokal sebagai dua entitas berbeda. Maka, memisahkan pemilu DPRD dari pemilu nasional berpotensi menciptakan kategori pemilu yang tidak dikenal dalam konstitusi.
