Misalnya, masih banyak madrasah swasta yang belum memenuhi standar nasional pendidikan, baik dari sisi kelengkapan kurikulum, kompetensi guru, maupun hasil belajar peserta didik, dan mereka harus berjuang sendiri dengan dana terbatas, sementara sekolah umum mendapatkan program peningkatan mutu secara berkala.
Keterbatasan dalam pelatihan guru juga menjadi masalah besar. Guru di sekolah umum cenderung memiliki akses yang lebih luas terhadap pelatihan dan pengembangan profesi dibandingkan dengan guru di madrasah. Hal ini berdampak pada kemampuan pedagogis dan profesionalisme tenaga pendidik dan berimbas langsung pada proses pembelajaran.
*Ketimpangan Infrastruktur*
Selain kualitas pendidikan, ketimpangan infrastruktur antara sekolah umum dan madrasah juga menjadi sorotan. Sekolah-sekolah negeri umumnya memiliki gedung yang lebih layak serta laboratorium dan fasilitas pendukung yang memadai seperti perpustakaan, ruang komputer, dan sarana olahraga.
