Selain pemilihan Presiden langsung, Reformasi juga melahirkan sistem pemilihan kepala daerah secara langsung atau Pilkada. Hal tersebut memperkuat partisipasi rakyat dalam menentukan pemimpinnya secara demokratis. Dasar hukum berbagai perubahan tersebut lahir melalui amandemen UUD 1945 pada periode 1999–2002 yang memperkuat prinsip demokrasi, kedaulatan rakyat, pembatasan masa jabatan Presiden, serta penghormatan terhadap hak asasi manusia. Dengan demikian, Reformasi tidak hanya mengganti pemimpin nasional, tetapi juga mengubah sistem ketatanegaraan Indonesia menjadi lebih demokratis dan modern.
Di tengah perjalanan Reformasi, bangsa Indonesia kehilangan salah satu tokoh besar demokrasi, yaitu Gus Dur yang wafat pada 30 Desember 2009. Meski telah wafat, jasa, pemikiran dan keteladanan Gus Dur tetap dikenang masyarakat Indonesia hingga saat ini. Sikap pluralis, humanis dan keberpihakannya kepada rakyat kecil menjadikan Gus Dur tetap dihormati lintas kelompok agama, suku dan golongan.
