Dalam dinamika politik menjelang Sidang Umum MPR tahun 1999, Amien Rais sebenarnya menjadi salah satu tokoh yang memiliki peluang besar menjadi Presiden RI. Namun, dalam proses politik nasional saat itu, Amien Rais justru mendukung Gus Dur untuk maju sebagai calon Presiden. Dalam pemilihan Presiden di MPR, Gus Dur akhirnya terpilih menjadi Presiden Republik Indonesia ke-4 dan menjabat sejak 20 Oktober 1999 hingga 23 Juli 2001. Setelah itu, posisi Presiden dilanjutkan oleh Megawati Soekarnoputri sebagai Presiden RI ke-5.
Pada era pemerintahan Megawati, proses demokrasi dan transisi ketatanegaraan terus berjalan. Salah satu tonggak penting demokrasi Indonesia adalah lahirnya sistem pemilihan Presiden secara langsung melalui perubahan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 hasil amandemen. Pemilihan Presiden langsung pertama kali dilaksanakan pada tahun 2004 dan menghasilkan Susilo Bambang Yudhoyono sebagai Presiden RI ke-6. Sistem demokrasi langsung tersebut kemudian juga melahirkan kepemimpinan nasional berikutnya, yaitu Presiden RI ke 7, Joko Widodo dan Presiden RI ke 8, Prabowo Subianto.
