Namun, peran FKDM seringkali dipersepsikan tumpang tindih dengan instansi lain seperti Badan Kesbangpol, aparat intelijen, maupun satuan keamanan seperti TNI dan Polri. Padahal, FKDM tidak memiliki kewenangan eksekusi atau penindakan. Peran utamanya hanyalah memberikan masukan berupa laporan, analisis sederhana dan rekomendasi kepada Pemerintah Daerah sebagai bahan pertimbangan kebijakan. Dengan kata lain, FKDM berfungsi sebagai kanal informasi masyarakat, bukan sebagai lembaga pengambil keputusan.
Untuk menghindari benturan kewenangan, sinergi kelembagaan sangat diperlukan. FKDM harus menempatkan diri sebagai mitra yang memperkuat fungsi pemerintah daerah dalam hal kewaspadaan dini, tanpa mengambil alih tugas instansi lain. Koordinasi rutin dengan Kesbangpol menjadi kunci, mengingat lembaga ini yang bertanggung jawab mengolah data dan meneruskannya kepada Kepala Daerah maupun instansi vertikal terkait. Dengan mekanisme tersebut, FKDM tetap berada dalam koridor partisipasi masyarakat, bukan lembaga intelijen formal.
