Sedangkan misi yang diemban oleh Majelis Ulama Indonesia adalah:
“Menggerakkan kepemimpinan dan kelembagaan Islam secara efektif, sehingga mampu mengarahkan dan membina umat Islam dalam menanamkan dan memupuk aqidah Islamiyah, dan menjadikan ulama sebagai panutan dalam mengembangkan akhlak karimah agar terwujud masyarakat yang baik bagi seluruh ummat manusia atau khair al-ummah.”
Kesimpulannya, eksistensi lembaga MUI sebagai Lembaga organisasi Majelis dari Para Ulama Indonesia, memperkuat pondasi ummat muslim karena sejarah berdirinya, berikut visi dan misi, sebagai representatif para tokoh ulama, aktivis atau pergerakan dan para cendikiawan, yang bersepakat membimbing, membina, dan mengayomi seluruh kaum muslimin di tanah air, dengan kata lain konsentrasi visi misi MUI adalah membantu mencari solusi atas permasalahan yang berkaitan dengan keumatan, termasuk permasalah baru yang sifatnya kekinian.
