Namun, keunggulan terbesar Yusuf Kalla bukan hanya pada jabatan, melainkan pada kemampuannya menjadi pemecah kebuntuan nasional. Dalam sejarah konflik horizontal Indonesia, nama Jusuf Kalla tercatat sebagai tokoh penting perdamaian. Ia memainkan peran sentral dalam mendamaikan konflik Ambon melalui Perjanjian Malino pada 2002, yang menjadi titik balik penghentian konflik komunal berdarah di Maluku. Pendekatannya tegas, cepat dan langsung menyentuh akar persoalan, sehingga berhasil mempertemukan pihak-pihak yang bertikai dalam satu meja damai.
Peran serupa juga tampak dalam penyelesaian konflik Poso. Jusuf Kalla menjadi tokoh utama di balik lahirnya Deklarasi Malino yang menjadi fondasi rekonsiliasi konflik berkepanjangan di Sulawesi Tengah. Ia tidak hanya hadir sebagai pejabat negara, tetapi sebagai mediator yang mampu membangun kepercayaan lintas kelompok, lintas agama dan lintas kepentingan.
