Dalam konflik Aceh, Jusuf Kalla juga memainkan peran historis. Ia adalah salah satu tokoh kunci yang membuka jalan menuju perdamaian antara Pemerintah Republik Indonesia dan Gerakan Aceh Merdeka. Proses yang kemudian bermuara pada Perjanjian Helsinki 2005 tidak dapat dilepaskan dari kerja senyap, komunikasi politik, dan keberanian Jusuf Kalla membangun dialog saat banyak pihak masih ragu. Perdamaian Aceh menjadi salah satu warisan terbesar dalam sejarah konsolidasi NKRI dan Jusuf Kalla adalah salah satu arsitek utamanya.
Selain dalam konflik besar seperti Ambon, Poso dan Aceh, Jusuf Kalla juga berulang kali hadir dalam berbagai upaya penyelesaian ketegangan sosial-politik nasional. Karena itu, ia bukan sekadar politisi, tetapi tokoh pemersatu bangsa yang memiliki legitimasi moral dan kapasitas praktis untuk menjembatani konflik.
