Putusan ini juga menimbulkan berbagai dampak serius lainnya, antara lain pemborosan logistik dan anggaran akibat pelaksanaan dua pemilu terpisah.
Selain itu, juga dapat berpotensi terjadi fragmentasi legitimasi politik yang berpotensi mengganggu kesinambungan pemerintahan pusat dan daerah. Dampak lainnya adalah potensi munculnya kekaburan yurisdiksi dalam penyelesaian sengketa pemilu lokal, yang dapat memicu kembali konflik kewenangan antara MK dan MA, serta, ada kemungkinan bisa mengganggu stabilitas hukum dan politik di daerah.
Tidak dapat dimungkiri bahwa publik mencurigai adanya dugaan kepentingan politik jangka pendek di balik putusan ini. Dugaan kecurigaan tersebut cukup beralasan, terutama karena terbukanya celah bagi penempatan Pj Kepala Daerah dalam waktu yang lama, padahal posisi tersebut memiliki kewenangan luas namun tidak didasarkan pada legitimasi rakyat.
