Untuk menyelamatkan sistem perbankan, pemerintah bekerja sama dengan IMF dan membentuk Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN) pada Januari 1998 melalui Keputusan Presiden No. 27 Tahun 1998. BPPN diberi mandat untuk melakukan restrukturisasi perbankan, menyelesaikan aset bermasalah, serta memulihkan dana negara. Namun, karena kinerjanya dinilai tidak memuaskan, BPPN dibubarkan pada tahun 2004 oleh Presiden Megawati Soekarnoputri.
Sebagai bagian dari upaya penanggulangan krisis, pemerintah dan Bank Indonesia menyalurkan Bantuan Likuiditas Bank Indonesia (BLBI) sebesar Rp147,7 triliun kepada 48 bank. Namun, penyaluran BLBI kemudian diduga menjadi skandal besar karena diduga sarat penyimpangan dan penyalahgunaan dana oleh sejumlah pihak penerima.
