Beberapa tantangan yang masih dihadapi pemerintah daerah antara lain inkonsistensi data antara RKPD, Renstra dan penganggaran, keterbatasan pemahaman operator terhadap SIPD, perubahan nomenklatur program dan kegiatan, serta keterlambatan penyelesaian dokumen perencanaan. Oleh karena itu, pembinaan teknis dinilai menjadi langkah strategis untuk memastikan seluruh perangkat daerah memiliki pemahaman yang sama dalam menggunakan modul SIPD dan menerapkan kebijakan perencanaan pembangunan.
Ditjen Bina Pembangunan Daerah Kemendagri, juga menekankan pentingnya penguatan tata kelola kelembagaan daerah agar perubahan Struktur Organisasi dan Tata Kerja (SOTK) tidak mengganggu siklus perencanaan dan penganggaran.
Menurut Yoppy, perubahan SOTK idealnya dilakukan sebelum tahapan utama penyusunan RKPD dimulai sehingga penyesuaian dokumen dan sistem dapat dilakukan secara lebih efektif.
