Mengenai Yurisdiksi Peradilan Militer Dalam Kekuasaan Kehakiman di Indonesia, tentunya tidak terlepas polemik mengenai Penundukan Prajurit yang Melakukan Tindak Pidana Umum, pada Kekuasaan Peradilan Umum dalam kaitan Pasal 65 ayat 2 UU No. 34 Tahun 2004 tentang Tentara Nasional Indonesia yang menyatakan bahwa prajurit tunduk pada kekuasaan peradilan militer dalam hal pelanggaran hukum pidana militer dan tunduk pada kekuasaan peradilan umum dalam hal pelanggaran hukum pidana umum yang diatur dengan undang undang, disampaikan Prof. Dr. Indriyanto Seno Adji, S.H., M.A., dalam FGD tersebut.
Ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 65, dijelaskan dalam pasal ayat 1 dan 2 yaitu: 1. Ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 65 berlaku pada saat undang-undang tentang Peradilan Militer yang baru diberlakukan. 2. Selama undang-undang peradilan militer yang baru belum dibentuk, tetap tunduk pada ketentuan Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1997 tentang Peradilan Militer.
