Di sisi lain, proyek ini juga menghadapi gugatan hukum yang signifikan. Taipan Sugiyanto Kusuma alias Aguan, pemilik Agung Sedayu Group, serta Presiden Joko Widodo digugat secara perdata atas dugaan perbuatan melawan hukum dalam pengembangan PIK 2. Gugatan ini menuntut ganti rugi sebesar Rp 612 triliun, yang jika dikabulkan, akan menjadi salah satu gugatan terbesar dalam sejarah hukum Indonesia. Gugatan ini muncul akibat kekhawatiran akan dampak sosial dan lingkungan yang dihasilkan oleh proyek tersebut.
Selain gugatan hukum, terdapat pula isu kriminalisasi terhadap kritik yang ditujukan kepada proyek ini. Mantan Sekretaris Kementerian Badan Usaha Milik Negara (BUMN), Muhammad Said Didu, menghadapi ancaman kriminalisasi setelah menyampaikan kritiknya terhadap PSN PIK 2. Ia dilaporkan ke kepolisian dengan dugaan pelanggaran Undang-Undang Informasi dan Transaksi Elektronik (UU ITE), yang menimbulkan kekhawatiran tentang kebebasan berpendapat di Indonesia.
