Ali Wongso juga menekankan pentingnya menjaga keseimbangan antara pembangunan ekonomi dan perlindungan lingkungan hidup. Menurutnya, Papua merupakan salah satu aset ekologis penting yang dimiliki Indonesia sehingga pembangunan harus dilakukan secara berkelanjutan dan bertanggung jawab.
Untuk itu, ia menawarkan pendekatan yang disebutnya sebagai Kemitraan Kebangsaan, yakni menempatkan negara, masyarakat adat, pemerintah daerah, dunia usaha, tokoh agama, akademisi dan masyarakat sipil sebagai mitra dalam mewujudkan kesejahteraan rakyat, keadilan sosial dan persatuan Indonesia.
“Masyarakat adat tidak boleh dipandang sebagai hambatan pembangunan, melainkan sebagai bagian dari solusi pembangunan itu sendiri,” katanya.
Ali Wongso juga menilai, penyelesaian berbagai persoalan di Papua Selatan membutuhkan perhatian dan kepemimpinan langsung Presiden Prabowo Subianto agar seluruh Kementerian dan Lembaga bergerak dalam satu kebijakan yang terpadu.
