Pemerintah Indonesia tetap berpegang pada prinsip non-konfrontatif. Bahkan ketika terjadi insiden bersenggolan antara KRI Tedong Naga dengan kapal perang Malaysia KD Rencong pada 2005, pendekatan diplomasi tetap dikedepankan. Dalam beberapa dekade terakhir, berbagai pemerintahan Indonesia menahan diri untuk tidak membawa konflik ini ke eskalasi militer, termasuk di era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan Joko Widodo.
Namun, tuduhan bahwa Presiden Prabowo Subianto bersikap lemah atau takut terhadap Malaysia dalam isu Ambalat adalah, pandangan yang emosional dan tidak berdasar. Prabowo adalah mantan jenderal tempur, eks Danjen Kopassus, dengan pengalaman luas dalam operasi militer. Keputusan untuk menahan diri bukan cerminan kelemahan, melainkan strategi pertahanan menyeluruh yang memahami dinamika hukum, politik, dan ekonomi global. Prabowo memahami bahwa kekuatan militer adalah alat terakhir, bukan alat utama, dalam hubungan internasional, sesuai dengan prinsip Piagam PBB Pasal 51.
