Berdasarkan UNCLOS, yang telah diratifikasi Indonesia melalui UU No. 17 Tahun 1985, Ambalat masuk ke dalam landas kontinen dan Zona Ekonomi Eksklusif (ZEE) Indonesia karena berada dalam jarak 200 mil laut dari garis pangkal. Ini juga didukung oleh Perjanjian Landas Kontinen Indonesia–Malaysia 1969, yang tidak menyebut Ambalat sebagai bagian dari wilayah Malaysia. Namun, alih-alih membawa perkara ini ke Mahkamah Internasional, Indonesia memilih jalur diplomasi bilateral.
Keputusan ini bukan tanpa pertimbangan. Indonesia belajar dari pengalaman pahit dalam sengketa Pulau Sipadan dan Ligitan yang dimenangkan Malaysia pada 2002. Mahkamah Internasional mengakui kedaulatan Malaysia karena dinilai lebih aktif mengelola dan mengadministrasi kedua pulau tersebut. Sejak saat itu, Indonesia memperkuat pendekatan diplomatik dan tindakan konkret di lapangan, seperti pembangunan mercusuar di Karang Unarang dan peningkatan patroli TNI AL di kawasan Ambalat.
