Bersama Indonesia, Taiwan menghormati nilai-nilai universal seperti demokrasi, supremasi hukum dan hormat terhadap hak asasi manusia. Sejak Taiwan menerapkan Kebijakan Baru ke Arah Selatan pada 2016, Taiwan terus meningkatkan hubungan kerja sama secara menyeluruh dengan Indonesia.
Dengan menandatangani berbagai nota kesepahaman dan rencana kerja sama, Taiwan dan Indonesia terus memperdalam kerja sama bilateral di berbagai bidang termasuk perdagangan, pembangunan ekonomi, ketenagakerjaan, pertanian, pendidikan dan pelatihan, penerbangan sipil dan teknologi.
Taiwan merupakan mitra dagang Indonesia terbesar ke-10 dan negara penanam modal terbesar ke-14. Jika ditambahkan investasi ke Indonesia melalui negara ketiga, maka Taiwan akan masuk dalam lima besar negara penanam modal.