Beberapa kerajaan Islam mulai terbentuk di Raja Ampat dan pesisir Papua Barat. Misalnya, Kerajaan Waigeo, Misool, Salawati, Fatagar yang secara kultural dan politik berafiliasi dengan Kesultanan Ternate–Tidore.
Di Salawati, legenda menyebut seorang pendiri bernama Kalewan yang menikahi mubaligah dari Cirebon, bernama Siti Hawa Farouk dan mengganti namanya menjadi Bayajid, memicu konversi massal di wilayah itu pada abad ke‑16.
Salah satu saksi bisu perjuangan Islam di Fakfak adalah Masjid Tua Patimburak, yang dibangun sekitar tahun 1870 oleh Abuhari Kilian dan menjadi saksi kekuasaan Tidore di kawasan itu.
Islam tumbuh kuat di wilayah laut karena jalur perdagangan laut dari Maluku dan Sulawesi. Sebaliknya, masyarakat pedalaman Papua tetap memelihara kebudayaan animisme hingga abad 20-an, ketika transmigrasi dan sekolah Muhammadiyah mulai masuk setelah 1933, serta terutama setelah 1962–1977 di wilayah seperti Jayawijaya dan Wamena.
