Lebih kuat lagi, teori melalui Kesultanan Bacan dianggap paling kredibel. Sejak abad ke‑16, Sultan Bacan memperluas pengaruhnya hingga ke Pulau Waigeo, Misool, Salawati dan Semenanjung Onin. Melalui hubungan politik dan perdagangan, tokoh-tokoh lokal kemudian memeluk Islam, menciptakan kerajaan-kerajaan kecil Islam di sana.
Selain itu, pedagang Bugis-Arab dari Banda dan Seram Timur juga ikut menyebarkan Islam ke Kabupaten Fakfak melalui trade dan khitanan, meski awalnya ditentang masyarakat lokal. Dua mubalig bernama Jainun dan Salahudin disebut ikut andil dalam penyebaran ini.
Beberapa tradisi lisan bahkan menyebut kedatangan empat orang Syekh dari Irak sejak abad ke‑2 Hijriah (abad ke‑8 Masehi), seperti Syekh Yakub, Umar, Mansyur, dan Amin, yang menyiarkan Islam di Ternate, Tidore, dan wilayah sekitarnya. Meski belum terbukti secara arkeologis, narasi ini menunjukkan hubungan panjang antara Maluku dan jalur Islam awal Nusantara.
