LMND memandang bahwa, struktur kementerian pada dasarnya tidak terlepas dari dinamika kepentingan politik. Dalam sistem Presidensial multipartai seperti Indonesia, kementerian kerap menjadi arena kompromi dan distribusi kekuasaan politik. Apabila Polri ditempatkan di bawah Kementerian, maka terdapat risiko besar terjadinya politisasi institusi Kepolisian, baik secara langsung maupun tidak langsung, melalui pengaruh kebijakan dan kepentingan elite politik tertentu.
Lebih lanjut, Muh. Isnain Mukadar menegaskan bahwa, netralitas Polri merupakan prasyarat utama bagi tegaknya keadilan dan supremasi hukum. Dalam berbagai kajian reformasi sektor keamanan, termasuk yang dikemukakan oleh Agus Widjojo dalam Reformasi Sektor Keamanan Indonesia, independensi struktural kepolisian menjadi faktor kunci agar aparat penegak hukum tidak berubah menjadi instrumen kekuasaan politik. Oleh karena itu, menjaga jarak struktural Polri dari kementerian merupakan langkah penting untuk memastikan penegakan hukum yang adil, profesional dan tidak diskriminatif.
