Pada masa kolonial, Mathla’ul Anwar berhadapan dengan politik etik Belanda yang memposisikan institusi pendidikan tersebut serta organisasi sosial keagamaan lainnya sebagai Ordonansi Sekolah Liar karena dinilai sebagai alat bagi perjuangan kemerdekaan dan menjadikan pendidikan sebagai wadah bagi pergerakan rakyat menentang kolonialisme.
Di tengah berbagai tantangan dan rintangan sepanjang perjalanan sejarahnya, Mathla’ul Anwar terus berkiprah mencerdaskan kehidupan rakyat, dan hingga kini puluhan ribu ulama dan sarjana yang sebelumnya belajar di sekolah dan madrasah Mathla’ul Anwar telah memberikan pencerahan bagi kehidupan keagamaan yang ramah, moderat, toleran, dan berkeadaban.
Akan tetapi zaman terus berubah, Lembaga-lembaga pendidikan Mathla’ul Anwar yang sangat moderen pada masanya, kini mengalami proses tradisionalisasi.
