Namun, di sinilah letak masalahnya. Dalam praktiknya, tidak semua pekerjaan itu dilakukan secara sukarela, transparan, atau proporsional. Ada pesantren yang menjadikan kerja santri sebagai sistem pengganti biaya pendidikan. Ada pula yang menjadikan hukuman fisik dan kerja paksa sebagai sarana disiplin. Di titik ini, terjadi distorsi fungsi pendidikan yang semestinya membebaskan, bukan menindas.
Penelitian Muljono dkk (2024) di Jurnal Samarah menunjukkan bahwa, sebagian besar sistem hukuman di pesantren tidak didasarkan pada standar etik yang jelas. Santri bisa dihukum kerja berat hanya karena kesalahan kecil.
Stiawati dan Sulisman (2022) menambahkan bahwa relasi kuasa antara kiai dan santri di beberapa pesantren masih sangat hierarkis, nyaris tanpa ruang kritik. Kekuasaan yang tak diawasi selalu berpotensi melahirkan penyimpangan.
