Prinsip utamanya adalah menjaga konsistensi antara RPJMD–Renstra–RKPD–Renja–KUA/PPAS–APBD, sehingga perubahan organisasi tidak menimbulkan ketidaksinkronan antara perencanaan, penganggaran, pelaksanaan, serta pengendalian dan evaluasi pembangunan daerah.
Kemendagri mendorong Pemerintah Kota Salatiga untuk segera membentuk atau mengoptimalkan tim lintas perangkat daerah yang melibatkan Bappeda, BPKPD, Bagian Organisasi, Inspektorat dan perangkat daerah terkait, guna melakukan pemetaan SOTK lama ke SOTK baru.
Pemetaan tersebut setidaknya mencakup perubahan perangkat daerah, pergeseran tugas dan fungsi, urusan dan suburusan pemerintahan, program, kegiatan dan subkegiatan, indikator serta target kinerja, sumber pendanaan, lokasi pelaksanaan, hingga perangkat daerah yang bertanggung jawab setelah SOTK baru diberlakukan.
