Kemendagri juga menekankan pentingnya sinergi antara Kementerian/Lembaga, Pemerintah Provinsi Kalimantan Utara dan Pemerintah Kabupaten Nunukan dalam memastikan keselarasan antara data batas negara, dokumen Rencana Tata Ruang Wilayah (RTRW), Rencana Detail Tata Ruang (RDTR), serta dokumen perencanaan pembangunan daerah.
Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 2 Tahun 2024 tentang RTRW Tahun 2024–2044, kawasan Eks OBP Sinapad–Sesai telah diarahkan sebagai bagian dari pengembangan kawasan strategis perbatasan melalui penguatan Pusat Kegiatan Strategis Nasional (PKSN) Tou-Lumbis, pengembangan transportasi, kawasan lindung, kawasan hutan produksi, serta kawasan pertanian. Oleh karena itu, hasil penegasan batas negara perlu diakomodasi agar implementasi pembangunan tetap sesuai dengan kondisi aktual wilayah.
