Himpenindo sejak lahir 2013 menyusun struktur organisasi yang lebih kecil berbasis kewilayahan, sehingga membentuk kepengurusan di tingkat provinsi, kota/kabupaten; kemudian muncul juga basis kementerian/kelembagaan sehingga lahir pula kepengurusan di K/L pula.
Dengan persyaratan bahwa kepengurusan dapat dibentuk dengan syarat minimal 50 Anggota, maka tidak banyak K/L dan provinsi/kota/kabupaten yang dapat membentuknya, karena para anggota Himpenindo mengumpul di DKI Jakarta, Bogor, Tangerang Selatan, Yogyakarta, Banten, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Sumut, Sumsel, Sulsel dan beberapa provinsi lainnya. Pola berbasis kewilayahan dan K/L pun dicontoh oleh Himperindo yang lahir 2018.
Para Anggota Himpenindo dan Himperindo berbasis kewilayahan bermitra dengan Bappeda dan atau Balitbangda di wilayah terkait, belum banyak kontribusi nyata yang dapat dikerjasamakan selain di naskah kerja sama saling kesepemahaman semata.
