Secara historis, akar keorganisasian NU memang terpancang kuat pada struktur tradisional patron-klien. Penelitian mendalam Mitsuo Nakamura dalam The Crescent Arises over the Banyan Tree (Yogyakarta: Gadjah Mada University Press, 1983, hlm. 76) mengurai bagaimana kekuatan organisasi Islam tradisional di Indonesia berpusat pada wibawa kharismatik para kiai. Kiai adalah pusat gravitasinya, sementara struktur formal hanyalah wadah sekunder. Tradisi ini menempatkan ketaatan spiritual sebagai pengikat utama massa, jauh melebihi kepatuhan pada aturan administrasi formal.
Namun, zaman menuntut tata kelola yang berbeda. Peneliti Belanda Martin van Bruinessen dalam Kitab Kuning, Pesantren, dan Tarekat (Bandung: Mizan, 1995, hlm. 112) mengamati bahwa ketika NU berhadapan dengan modernisasi negara dan korporatisasi, struktur komunal-tradisional ini dipaksa beradaptasi. NU tidak lagi cukup dikelola hanya melalui kesepakatan informal di teras pesantren; ia membutuhkan manajemen modern, pelaporan keuangan yang transparan, serta divisi teknokratik yang profesional.
