Depo Depok juga memiliki fasilitas perawatan KRL berupa gedung workshop yang terhubung dengan 11 jalur inspeksi. Terdapat 2 jalur rel yang terhubung ke fasilitas pencucian sarana, 4 jalur rel ke gedung workshop perawatan bulanan (Monthly Check), 2 jalur ke gedung perawatan overhaul, 1 jalur ke fasilitas bengkel bubut roda, dan 2 jalur untuk stabling.
Gedung workshop perawatan bulanan dan overhaul dilengkapi ruang kerja staf Monthly Check, Annual Check, ruang staf perawatan Overhaul, serta ruang logistik, alat, gudang sparepart bekas dan baru. Depo ini memiliki kapasitas perawatan hingga 24 unit KRL per hari atau 33 trainset per bulan, dengan total perawatan hingga 342 kereta per bulan. Perawatan yang dilakukan meliputi perawatan bulanan (P1), tiga bulanan (P3), enam bulanan (P6), tahunan (P12), dua tahunan (P24), hingga empat tahunan (P48), di luar perawatan harian (daily check).
