Setelah itu, Sjafrie dan Prabowo bergabung dengan Kopassus, korps pasukan khusus TNI. Selama kariernya, ia memimpin berbagai operasi penting di Timor Timur, Aceh, hingga Papua, yang menunjukkan dedikasi tinggi terhadap tugas militer dan keamanan negara.
Di mata rakyat dan rekan seangkatannya, kepemimpinan Sjafrie sangat dihormati. Ia dikenal sebagai “Pak SS” oleh bawahannya. Julukan “Pak SS” ini jelas mencerminkan rasa hormat, ketegasan dan kedekatan kepemimpinan dengan para prajuritnya. Ketika dipercaya memimpin Paspampres (Pasukan Pengamanan Presiden) pada era Presiden Soeharto, reputasinya sebagai sosok yang dapat diandalkan semakin menguat.
Salah satu peristiwa paling mengesankan yang menggambarkan keberaniannya terjadi pada 22 Oktober 1995 di Hotel Waldorf Towers, New York. Saat itu, Presiden Soeharto menghadiri sidang PBB sebagai Wakil Ketua OKI. Perdana Menteri Israel, Yitzhak Rabin, datang bersama tim pengawal dan agen Mossad untuk bertemu Soeharto. Namun, pengawalnya menolak menaati protokol Paspampres.
