Tak berhenti sampai di situ, Muhadjir Effendy juga melanjutkan kuliah pasca sarjana program Magister Administrasi Publik (MAP) di Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Ia menamatkan program studinya tahun 1996.
Sedangkan, gelar doktor diraihnya tahun 2008 di Universitas Airlangga, Surabaya dengan program studi Ilmu Sosial.
Selain pendidikan formal, Muhadjir Effendy mengikuti kursus di National Defence University, Washington DC dan Victoria University, British Columbia, Canada.
Ia mengawali kariernya di Universitas Muhammadiyah Malang (UNM) dari karyawan honorer, dosen, kemudian mulai menjabat sebagai Pembantu Rektor III, lalu sebagai Pembantu Rektor I, hingga akhirnya ia mendapat kepercayaan untuk menjadi Rektor UMM pada tahun 2000 dan sukses menjabat selama 3 periode hingga tahun 2016. Ia juga telah mengabdi sebagai Guru Besar Fakultas Ilmu Pendidikan, Program Studi Pendidikan Luar Sekolah di Universitas Negeri Malang.
