Namun hal tersebut menuai kritik dari beberapa pihat terkait urgensitasnya, pilihan tempat, pilihan komoditas dan tidak adanya keselarasan dengan kebijakan lain terkait pertanian dan impor.
Program Food Estate (lumbung pangan) akan berdampak buruk jika dilakukan dengan mengalihfungsikan hutan alam secara besar-besaran. Sehingga, Food Estate tidak bisa menjawab persoalan pangan dan justru menimbulkan masalah lain yang jauh lebih berbahaya yaitu dampak deforestasi. Hal tersebut disampaikan oleh Dwi Andreas Santosa Guru Besar Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor (IPB) (kompas.com)
Beberapa ahli mengatakan Food Estate ini tidak akan menuai hasil yang baik. Karena dengan pengalihfungsian hutan gambut, maka kita harus waspada terhadap kemudharat yang akan ditimbukan. Dan seharusnya lahan gambut dikembalikan kepada fungsi awal lahan yang salah salah satunya sebagai fungsi ekologis. Lantas, mengapa pemerintah masih melanjutkan melakukan pengembangan Food Estate di bekas lahan yang gambut?