Resiko banjir Bandara YIA disebabkan karena kapasitas saluran drainase di kawasan bandara tidak mampu menampung debit banjir Sungai Bogowonto dan Serang, sehingga dilakukan penanganan oleh Balai Besar Wilayah Sungai (BBWS) Serayu Opak dengan membangun sistem drainase dan pengendalian debit sungai.
“Tolong juga perhatikan sedimen sungai dan kapasitasnya karena air dari kolam retensi dialirkan ke sungai,” kata Menteri Dody.
Dalam mengurangi risiko banjir Bandara YIA, Kementerian PU membangun sejumlah prasarana pengendali banjir pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Bogowonto dan Serang. Dukungan infrastruktur dilakukan secara terpadu mulai dari pembangunan 2 Jetty Bogowonto masing-masing sepanjang 306 meter, tanggul beton Sungai Bogowonto, Kolam Retensi Wasiat, Long Storage Carik Barat dilengkapi pompa air dan Long Storage Carik Timur. Selanjutnya juga dibangun Long Storage Ledeng dan Kolam Retansi Karang Wuni yang dilengkapi dengan kolam retensi.