Bung Tomo tidak memandang penjara sebagai sumber penderitaan. Tidak mengherankan saat keluar dari penjara tubuhnya lebih gemuk. “Habis, di sini makan melulu. Lagi pula ada larangan dokter untuk senam,” kata Bung Tomo dikutip Tempo, 14 April 1979.
Namun, hikmah terbesar di penjara yang dialami Bung Tomo adalah merasakan kedekatan dengan Tuhan. “Sembahyang di Nirbaya rasanya lebih tenang dan mantap,” kata Bung Tomo.
Penghuni Nirbaya menganggap Bung Tomo aneh. Dia dikira cengeng karena suka menangis. Terutama ketika bendera Merah Putih dikibarkan di halaman Nirbaya pada peringatan 17 Agustus 1978. “Bendera itu bikinan istri saya sendiri,” kata Bung Tomo. Setelah itu, setiap kali bendera itu dikerek, Bung Tomo mengambil sikap hormat dari kamar tahanannya.
