Ia kemudian didapuk menjadi Ketua Dewan Pers pada periode ini. Karir pendidikan tingginya ia awali di Fakultas Tarbiyah IAIN Jakarta pada tahun 1982.
Setelah memperoleh beasiswa Fullbright, Prof Azra meraih gelar Master of Art (MA) pada Departemen Bahasa dan Budaya Timur Tengah, Columbia University pada 1988.
Ia juga mendapatkan beasiswa Columbia President Fellowship dari kampus yang sama, tetapi kali ini Azyumardi pindah ke Departemen Sejarah, dan meraih gelar MA keduanya pada 1989. Pada 1992, ia menambah gelar Master of Philosophy (MPhil) dari Departemen Sejarah, Columbia University tahun 1990, dan Doctor of Philosophy Degree dengan disertasi berjudul “The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian ‘Ulama in the Seventeenth and Eighteenth Centuries.”
