Di awal-awal berdirinya PBB (yang mengklaim sebagai kelanjutan Partai Musyumi pimpinan M Natsir) dengan salah satu mottonya “Izzul Islam wal Muslimin” (Upaya meraih kejayaan Islam dan ummatnya) itu Yusril sering terlibat konflik, di antaranya dengan Hartono Marjono, KH Abdul Qadir Jaelani, KH Anwar Sanusi, Fadli Zon dkk yang awalnya separtai.
Ternyata sampai hari ini pun Yusril terus berkonflik. Orang-orang dekatnya di PBB disingkirkan, dari mulai beberapa Wakil Ketua Umum sampai Sekjennya sendiri, Afriansyah Noor. Yusril sendiri juga yang mengajukan permohonan perubahan dan pengesahan pengurus PBB ke Menteri Hukum dan Hak-Hak Asasi Manusia (Menkumham) RI.
Setelah mencopot dan memberhentikan 13 orang penting di PBB termasuk Sekjen yang sudah mengabdi kepada Yusril puluhan tahun, dia tempatkan dalam susunan pengurus PBB yang baru beberapa anaknya sebagai Wakil Ketua Umum, Bendahara Umum dan Ketua.
