Namun, kompleksitas dalam pengelolaan mangrove di Indonesia semakin terlihat akibat tumpang tindih kewenangan antara Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan (KLHK), Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP), serta Badan Restorasi Gambut dan Mangrove (BRGM). Tumpang tindih kewenangan ini sering kali menyulitkan implementasi kebijakan dan program konservasi mangrove.
Sebanyak 79% ekosistem mangrove berada di kawasan hutan dan berada di bawah kewenangan KLHK dan BRGM, sementara 21% sisanya berada di luar kawasan hutan dan berada di bawah kewenangan KKP. Kondisi ini menambah kompleksitas dalam pengelolaannya karena melibatkan banyak pemangku kepentingan, termasuk pemerintah daerah dan masyarakat pesisir.
Dalam kebijakan pengelolaan mangrove, terdapat beberapa peraturan yang berlaku, seperti Peraturan Presiden No. 73 Tahun 2012 tentang Strategi Nasional Pengelolaan Ekosistem Mangrove, yang kemudian dicabut dan digantikan oleh Perpres No. 82 Tahun 2020 tentang Komite Penanganan Covid-19 dan Pemulihan Ekonomi Nasional. Selain itu, Perpres No. 120 Tahun 2020 juga memberikan mandat khusus kepada BRGM untuk rehabilitasi mangrove.
