Terdapat beberapa isu strategis terkait PPSI, di antaranya: belum sinerginya jaringan irigasi antara saluran primer, sekunder, dan tersier, meningkatnya konflik air irigasi, pelaksanaan tata tanam tanpa memperhatikan kondisi pengelolaan air, hasil konstruksi tidak diikuti manajemen aset karena kurangnya alokasi anggaran, serta belum optimalnya pemberdayaan, penguatan dan partisipasi Perkumpulan Petani Pemakai Air (P3A).
Sementara itu, guna mendukung Kebijakan PPSI, sesuai dengan kewenangannya, Kemendagri memiliki Tugas dan Fungsi (Tusi) yang secara khusus memberikan pembinaan umum serta fasilitasi penyelenggaraan urusan pemerintahan daerah, perencanaan pembangunan daerah, sinkronisasi dan harmonisasi pembangunan daerah yang di dalamnya termasuk urusan sumber daya air dan irigasi di daerah.
