Bila ditelusuri lebih dalam, akar Harkitnas sesungguhnya berasal dari siklus panjang sejarah Nusantara. Setelah masa kejayaan kerajaan-kerajaan besar di tanah air seperti Sriwijaya, Majapahit, dan Mataram, rakyat Nusantara memasuki masa penderitaan panjang akibat penjajahan asing, khususnya oleh Belanda. Maka, berdirinya Boedi Oetomo adalah cermin tekad bangsa untuk bangkit dari keterpurukan, membebaskan diri dari penjajahan dan mengembalikan kejayaan nusantara melalui perjuangan kolektif.
Boedi Oetomo—yang kini lebih dikenal sebagai Budi Utomo—didirikan oleh dr. Soetomo dan para pelajar STOVIA (School tot Opleiding van Inlandsche Artsen). Gagasan ini pertama kali dimunculkan oleh Wahidin Soedirohoesodo dan bertujuan untuk mendorong kemajuan bangsa dalam bidang sosial, ekonomi, budaya dan politik. Maka tak heran, tanggal 20 Mei 1908 pun dikenang sebagai titik awal kebangkitan nasional Indonesia.
