Program starategis FKPT disetiap provinsi adalah meningkatkan pemahaman masyarakat terkait paham radikal-terorisme, pemahaman kebangsaan dan pemahaman moderasi beragama. Tujuan program tersebut sebagai vaksinasi dan peningkatan imun terhadap potensi radikalisme oleh kelompok terorisme.
Pada akhirnya, seluruh elemen masyarakat diharapkan untuk berkonstribusi dalam pencegahan paham radikal-terorisme di lingkungan masing-masing.
Struktur FKPT terdiri dari Ketua, Bendahara, Sekretaris, Kabid. Agama, Sosial dan Budaya, Kabid. Media Massa, Hukum dan Humas, Kabid. Pemuda dan Pendidikan, dan Kabid. Perempuan dan Anak, Kabid. Penelitian dan Pengkajian. Masing-masing Kabid melaksanakan program pelibatan masyarakat berdasarkan pemetaan potensi radikalisme dari hasil penelitian FKPT setiap provinsi melalui Kabid. Penelitian dan Pengkajian.
