Dalam mekanisme kerjasama bjb Edupay, terdapat dua metode yang dapat dipilih, yaitu Host to Host (H2H) dan Virtual Account. Metode Host to Host (H2H) menghubungkan sistem bank bjb dengan sistem lembaga pendidikan. Sedangkan metode Virtual Account menggunakan billing number untuk identifikasi siswa dalam pembayaran.
Saat ini, sejumlah universitas ternama sudah bekerja sama dengan bjb Edupay, antara lain Universitas Padjadjaran, Universitas Pasundan, Institut Teknologi Bandung, Universitas Pendidikan Indonesia, Institut Pertanian Bogor, Universitas Pasundan, Universitas Jenderal Achmad Yani, STIE EKUITAS, Universitas Nurtanio Bandung, Telkom University, Universitas Swadaya Gunung Jati, Universitas Majalengka, Universitas Garut, Universitas Mathla’ul Anwar, Universitas Sriwijaya, Universitas Muhammadiyah Cirebon, STT Tekstil Bandung, Universitas Subang, Universitas Galuh, IIB Darmajaya Lampung, Universitas Sanggabuana YPKP, dan Universitas Banten Jaya.
